佛魔之剑的故事发生在明朝万历年间，贵妃童娘娘为了把自己的儿子推上太子之位与东厂公公曹花若合谋，大肆诛杀秉真直谏的御史，一时间在京城内外掀起腥风血雨，不少知道真相的御史清官遭遇杀身之祸。给贵妃同娘娘和东厂公公曹花若充当杀手的，正是曹花若三个义子之一的马行空。 马行空的父亲曾是朝廷高官。父亲马长云在一场官场风波中无端丧身之后，年幼的马行空被东厂公公曹花若收养，跟随曹花若习武读书，练就一身非凡功夫，成为曹花若的杀人工具。马行空拿着义父与贵妃同娘娘共同拟就的一份诛杀名单，屡屡出手屡屡得手。一个个清官御史的人头落地，马行空开始为自己的魔鬼行径后怕反思。
    琴师灵儿是马行空陷入孤独困苦时结识的一个纯真哑女。和灵儿在一起时的本真感觉，使得马行空萌生退隐之意。马行空刚刚萌生退隐之意，义父曹花若就以马行空拒绝执行杀人任务，而派义子仇虎和冷战对马行空实施暗害。仇虎和冷战的伎俩落空，马行空从此与曹花若彻底决裂。
    为保护灵儿的安全，马行空带着灵儿逃离京城，来到京城外的一家客栈，将灵儿托付给江湖朋友柳冰玉，同时藏匿起将贵妃童娘娘和曹花若拟就的杀人名单。马行空背叛师门，曹花若决定清理门户，命义子仇虎和冷战一路追杀。仇虎和冷战追至客栈，柳冰玉八面玲珑，成功保护了灵儿，将仇虎和冷战引向马行空栖身的荒野小屋。
    马行空在客栈外的荒野小屋为仇虎和冷战准备好了葬身之地。仇虎和冷战自知不是师兄马行空的对手，冷战发出毒镖，马行空躲闪不及身中毒镖。马行空处境危险时，黑夜中突然杀出一个蒙面大侠，挡住仇虎和冷战，使得马行空带伤逃生。马行空于悬崖处坠崖而“死”，仇虎和冷战回京城向义父曹花若复命。
    马行空命不该绝，顺悬崖下的溪流漂流而下，得少林寺慧善大师妙手回生。马行空大难不死，给少林寺带来腾腾杀机。东厂公公曹花若亲自出马，挟持客栈里的灵儿，向少林寺奔杀而来。曹花若以剑对准灵儿让马行空下跪，灵儿不让跪，后为了马行空灵儿撞上了曹贼的剑......少林寺外，马行空与曹花若不共戴天，刑部总捕头张无病带圣旨助阵。曹花若死于马行空的长剑之下，马行空了却家仇国恨，从此投身佛门修行向善。
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