在人类修改植物遗传因子，企图控制植物的愚蠢计划失败后，树木开始具有了思想意识，月球表面的树木毫无节制的变大，并以无法想象的速度滋生蔓延，最终竟然化为龙型怪物袭击了地球，爆炸带来的强烈闪光笼罩着地球，地球面临着从未有过的大灾难。300年的时光匆匆流去……
地球在遭到有意识的树木袭击后，残存下来的一部分人类为了求得生存放弃了与森林敌对的思想，开始寻求与森林共同生存之道。因此残存下来的人分成了与森林共存的种族和与森林敌对的种族。阿基德（胜地凉配音）等人在叫做“中立都市”这个荒凉的地方以与森林共存为宗旨生活着，虽然环境极度恶劣但是他们仍然坚强愉快地过活。直到有一天，阿基德与好友凯因一起到传说中的禁忌之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着神奇光芒的机械，以及沉睡在其中的美丽少女——朵拉（宫崎葵配音），无意间的邂逅改变了那个世界的命运。阿基德唤醒了沉睡的朵拉，才知道原来她并不属于这个时代，而是利用先进科技手段减缓新陈代谢，沉睡了300年的过去世界的人。
来到了“中立都市”的朵拉受到了现实世界的强烈冲击——人们住在倒塌的建筑中，即没有电也没有自来水，就连取泉水也困难重重……这样的生活，让这个来自文明社会的朵拉困惑了——难道世界变化了300年，科技文明反倒倒退的荡然无存。“中立都市”的人们对待这位来自300年前的朵拉非常友善，可是森林却像怪兽一样对她展开莫名的攻击，在无法忍受的情况下，朵拉的感情终于爆发了。
就在此时，与森林敌对的都市“莱克纳”出现了一个同样是来自过去的男人休纳克。他告诉朵拉，她就是让文明社会复原的关键，并要带她离开。虽然朵拉可以让人类摆脱现在的困境，但这个使命充满着危险。为了保护朵拉，阿基德与“森林”签定契约，得到了无穷大的力量，作为契约条件之一他变成了“银发”，伴随着两个人的“使命”和“禁断之力”，充满谜团的故事会怎样发展呢

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