人类与变种人的宿怨与仇恨之战

　　在《X战警》的结尾，X教授（帕特里克·斯图尔特 饰）和变种人合力把万磁王（伊恩·迈克兰 饰）关进了塑料和橡胶做成的监狱，但是，万磁王这个邪恶变种人的庞大力量显然不惧这个塑料笼子，于是战斗就像X教授对万磁王说得那样"I will always be here ，old friend"（我会继续在这里等着你，老伙计），他们在接下来的续集里又将开始新的战斗。
　　虽然金刚狼等正义的X战警为人类做了许多事情，维护了社会的安定，但是人类还是害怕他们说不定会在某个时刻爆发出来的强大力量，他们的生活依然困难重重，只能住在X战警的基地——"黑暗之脑"。但是，他们简单的安定也无法得到人类的宽容：不久前发生了一起美国总统遭到神秘刺杀的案件，许多反对变种人的人们一致认为是变种的X战警们所为，于是人类派出了史提克（布莱恩·考克斯 饰）将军对X教授的训练学校突击，并逮捕了数名学生。
　　但是，人类并不就此罢休，针对变种人X站警们的强大力量，人类研究出了一种会令变种人致命的全新病毒，自此彻底地引爆人类与变种人两族之间的仇恨与战火。面对变种人生存的巨大危机，邪恶的变种人领袖万磁王，为完成终极的报复行动，为维系变种人的生存，决定向X教授投诚——面对人类与变种人之间的宿怨与仇恨，一场终难避免的大战即将开打了。
　　就在大战逐步打响之际，金刚狼（休·杰克曼 饰）和暴风女（海莉·贝瑞 饰）等在一起不仅仅配合X教授的战斗，也在继续寻找自己的过去，在这一集里，他遇到了一个处处与自己作对的女变种人——日本忍者Yuriko Oriyama（胡凯莉 饰），他直觉地预感到这个神秘的女郎很可能和自己的身世关系重大。与此同时，人类打响了与变种人的战斗，计划攻入白宫。X教授率领X战警们和万磁王一起，为争取变种人的生存权力，救出总统，开始了战斗……