又名神的病历簿2/上帝的处方2 ，计的是恬静安宁的信州松本市，本庄医院的资深内科医生栗原一止（樱井翔 饰）继续专注医疗岗位上的工作同时，满心期待妻子榛名（宫崎葵 饰）的腹中那个可爱新生命的到来。另一边，洋溢着浓浓温情的公寓御岳庄迎来了新的客人，学生屋久杉（滨田岳 饰）的加入使公寓安宁如水的生活焕发别样生机。
　　与此同时，本庄医院也终于等到了新医生的加盟。他叫近藤辰也（藤原龙也 饰），是一止的大学同学。当年的辰也被视为"医学系的良心"，此前作为血液内科医生和一止携手进入东京的知名医院。好友久别重逢，一止自然喜上心头，谁知曾经熟悉的辰也竟变得如此陌生。每天到了下班时间后他立刻返回家中，也根本不搭理工作时间以外任何病患的诉求。为了病患全身心付出、甚至不惜牺牲个人生活的一止，怎么也无法理解辰也现在的态度，两个好友之间的冲突和争吵在所难免。直到某天，辰也不顾护士的劝说执意返回家中，再也无法忍受的一止冲动地向好友泼了一杯咖啡，似乎冷静下来的辰也则犀利地反问一止，进而道出了他发生如此巨大转变的原因。那正是辰也和妻子千夏（吹石一惠 饰）另一段令人唏嘘不已的故事。
　　这一天，一止在本庄医院的恩师贯田诚太郎（柄本明 饰）突然病倒，一向将全部精力扑在病患身上的贯田医生，总算和夫人千代（市毛良枝 饰）得到难得的夫妻相守的时间，只可惜那点时间已经所剩无几。
　　在工作和家人之间两难取舍的辰也和千夏夫妇，为了工作而不得不牺牲家人的贯田和千夏，以及即将迎接新的家人到来的栗原夫妇。他们是医生，更是普普通通的大众中的一员。奔忙往复在生死攸关的医疗现场，却必须在和家人的情感问题上疲于奔命，大费周章。一向不惜牺牲一切的一止，似乎更切实地品尝到身为医者的艰辛，同时更真切的体味到家人的意义。
　　生生死死，死死生生，生命正是这样周而复始。他欢呼着新生，凭吊着死亡。在生死轮回的洪流中，以医者的身份从前人手中继承了承载着无限希望的神圣衣钵……
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