黑风召开人、妖、道三界大会，约来各界精英，表现现在天下动乱，轩辕剑马上重出江湖，三界必须推选出一位真正的领袖维护世界和平。
由此引发三界争夺，同时黑风欲拉拢燕赤眉，可是燕赤眉一心修道，表现不肯过问江湖争端，当众扫了黑风颜面，黑风怀恨在心……
血魔见缝插针，一直想说服燕赤眉抑制黑风称霸...的野心，待到黑风真的掌控轩辕神剑，三界都融成魔窟，当下决战不容松懈， 正义人士应该团结起来对抗他，赤眉感觉血魔妖气太重不能合作拒绝他的要求……
月容生病，见采臣对自己毫不动心，借题发挥买通医生，表现自己将不久于人世，体质日渐虚弱，终于赢得大家同情，增进宁府表面一团和气。
树妖于宁府探听采臣的动向，采臣又真的埋头苦读，小倩红袖添香，一派追求金榜题名的架势，将此消息带回黑风寨，黑风大怒……
黑风为强迫宁采臣外出找剑，让树妖率兵攻打宁府，小倩为了掩护宁母而死，月容也没想到小倩愿为掩护宁母挡剑，亦为姐妹难过，早知如，便不会设计与小倩争宠。采臣痛不欲生，宁母亦对小倩为她而牺牲感到悔疚……
血魔自从得知轩辕剑之事，渐渐明白，黑风为何一直不杀采臣，可能神剑的秘密就在采臣身上……欲念暗起，一为报仇，二为称霸。遂推动采臣去找剑报仇，可是采臣一心只是希望小倩能复活，沉醉在悲哀中无法自拔。
赤霞告诉采臣此乃定命，采臣不信，坚持人定胜天，请求赤霞救活小倩，雨生也在旁拜托赤霞，表现赤霞不要带私心，况且黑风大恶之人尚在，小倩纯善之人命不应绝，宁母也拜托赤霞救回小倩。
赤霞无奈告诉采臣，燕赤眉处有一颗灵丹可以让人起死复生，那是玄真观的镇观之宝……
采臣前往玄真观向赤眉求灵丹，燕赤眉拒绝，表现灵丹只有一颗概不外借，采臣如何声泪俱下请求，燕赤眉无动于衷。众人只好硬闯玄武洞取丹……
寻丹过程中，赤霞雨生并肩作战，双双受伤，对于小倩，的死雨生心怀内疚，表现早该相信赤霞，的梦境才对……
终於过三关斩五将，众人身受重伤无法陪采臣更进一步，采臣满怀激愤孤身前行陷入环境无法出来，无望中小倩灵魂涌现，在她的支持和鼓励下，采臣终于获得灵丹……