《秘密森林2》讲述失去情感的检察官黄始木（曹承佑饰）和正义温暖的刑警韩汝珍（裴斗娜饰）一起揭露检察机关赞助杀人案及其背后真相的故事。在第一部最后一集中，黄始木被下令降职到庆尚南道南海统营支厅工作。而第二部-的剧本将会以黄始木的新工作单元为背景，讲述检察官和赞助者之间的不为人知的秘密被逐渐揭开的过程。
昏暗的小道上，一辆车在浓浓大雾中前行。车辆里播放着新闻，男人总是感觉到车后有异常。男人停下车，接听了电话，对方督促他赶紧回来开会，随后那边吵闹起来挂断了他的电话。男人查看了四周并未察觉异样，随后便继续驾车来到加油站，可身后突然飞奔过去几辆警车和救护车。
秘密森林2海报
作为检察官的黄始木也来到案察觉场，现场围了一圈警员和群众，这里在浓雾的笼罩下显得更加混乱。黄始木走上前去，两个警员正对着一双鞋议论，有些惋惜年轻什么的丧生。突然他们就察觉了海上漂浮着的尸体，一位男生惊讶地看着，禁不住后退，撞到了黄始木也不自知。黄始木观察着四周，仿佛“看”到了其时事情发生的样貌。其时两个男生在海边玩耍，男生发生危难的时候自己刚好就将车停在路边，只是浓雾将他的视线遮住了。
韩汝珍正躺在床上玩手机，刷到了一对情侣在海边的照片，她觉得十分有趣。电视上突然播放了晚上的男生溺亡事件，她仔细一看，出事海滩正是情侣拍照,的地方。第二天她来到警局上班，打开电脑，就刷到了那对情侣的照片，只是昨晚海滩的照片已经被删除了。韩汝珍想着有些不对劲，赶紧打电话给黄始木，询问他溺亡事件的具体情况。黄始木告诉韩汝珍，他们三个男生是初中同学，父母给他买车当做是上大学-的礼物，所以应该是即兴开车出去海边玩的。只不外其中一个男生因为喝醉了才没有和另外两人一起去海边，最后是他报了警。可是其时海滩应该已经封闭，他们又是怎么进去的呢。黄始木说，也许在年轻人眼里，警戒线根本不算什么阻碍。可韩汝珍还是对警戒线存疑，回想起情侣的照片，她陷入了疑惑。到底是男生们将警戒线破坏的，还是情侣先破坏的。想来想去也想不明白。
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韩汝珍扮成买物品...的，在网上联系了昨晚在海边拍照的那对情侣，同时让人协助查出他们的信息。韩汝珍来到那人经常出入的酒店，此时黄始木返回昨晚的海滩检查警戒线。他慢慢走向海边，无意察觉了一条被烧断的警戒线。韩汝珍顺着线索来到男子的家，可是里面却没有人回应。等了许久，厅长打电话来叫他们回去开会。他们前脚刚刚走，男子就驾车返回家中。韩汝珍随后也开车返回，得知对方是警察之后，男子明显表现出慌乱和紧张。提起昨晚-的事情，男子情绪越发激动，竟然朝韩汝珍大吼。警员将男子带回警局询问，可对方什么也不愿透露。警员说他原来是用打火机截断的警戒线，男子听后冷笑一声，随即拨打了爸爸的电话。
韩汝珍被叫去开会了，对于她,的迟到，厅长有些生气。介绍完自己手上案件-的情况后，韩汝珍向厅长道歉，厅长佯装生气责怪她。开完会后，警员打电话告诉韩汝珍，男子已经被律师带走了。黄始木联系掌握的线索仔细思考，总觉得这些事情有所联系，他赶紧吩咐手下对那对情侣进行调查。车上，男子和女朋友因为照片的事情争吵起来，女朋友责怪他将照片删除引来警方怀疑，可男子却表现不必大惊小怪，律师会搞定一切。律师让他们联系学生私下处置，这样才能免于被起诉。情侣和律师将学生约了出来，让他撒谎说没有在海滩见过情侣两人。学生在律师的冷言威胁下表现自己会保守秘密，随后便离开了。
黄始木在家里收拾器械，同事就打电话来告诉他学生溺亡事件的进展。他说这件事情没有被起诉，黄始木有些不解。夜里，他还在想着这件事情。查看了起诉文件后，他察觉了姜原哲,的名字，那是那个没有去海滩的学生的名字。