抓捕行动失败，刑警队副队长周庆东英勇牺牲，尸体不知所终；刑警杨天明(海一天饰)头部受伤。内勤肖耘(陈瑾饰)坚决要求调到刑警队一线工作，一心想要抓到杀害自己丈夫的凶手。分局的刘局长只好同意，但条件是一旦破案，抓到杀害周庆东的凶手后，肖耘即返回内勤。

　　刑警队长李大曾(李诚儒饰)与周庆东是好战友，跟肖耘关系也非常熟络，这让他感觉很难办，既是战友的遗孀，又是自己的下级和搭档，且肖耘办事认真、偏执，用刑警队老队员刘凤舞(刘金山饰)的话来形容李大增和肖耘就是"冤家碰到对头"了。

　　上级的决定和肖耘的决心让谁也不好说什么，李大曾只好勉为其难收下肖耘，心想只要破了案，抓获杀害周庆东的凶手后，肖耘即可离开刑警队，返回内勤。

　　让人没有想到的是，一紧张就打嗝儿的肖耘居然慢慢开始进入角色了。虽然她经常与李大曾抬杠，较真儿，认死理儿，可是她的认真和执著却在许多案子的侦破工作中起到了决定性的作用。

　　肖耘的表现让整个刑警队的同事们刮目相看。经过几次大案的洗礼，肖耘慢慢适应了刑警的生活，她的紧张情绪有了好转，打嗝儿也没有了，几次替李大曾解了围，但也让人捏着一把汗。急脾气、直肠子，说话不会拐弯儿--这是她最显著的特征，为此经常惹恼队友，但别人拿她没办法。周庆东被杀的案子断了线索，李大曾安慰肖耘，让她等待机会再抓凶手。而此时的肖耘已经不是刚来刑警队、天天嚷着要报仇的肖耘了。

　　刑警队大案要案每天都在发生，但队长李大曾却被自己的前妻吕菲弄得焦头烂额，不得已，他一边遥控警员破案，一边与想和自己复婚的前妻周旋。可肖耘却希望他们能破镜重圆，因为她太清楚警察的感情世界了，她知道，李大曾其实是想让吕菲有更好的归宿，因为他作为一个称职的刑警队长实在做不好称职的丈夫。在一些偶然的事件中，吕菲发现了刑警生活的魅力--当一个杀人案破获时，李大曾怎么也不能从案子里出来，在回家的路上永远都在念叨着"他像个好人呀，怎么会是他呢？"

　　她不再烦扰李大增，但却在心里面更爱刑警了。

　　天网恢恢，疏而不漏，周庆东的尸体终于被发现了，这一发现让肖耘和李大曾找到了新的线索，他们终于找到杀害周庆东的恶魔，并在战斗中将其击毙。

　　本来，肖耘答应过李大增，抓到杀害周庆东的凶手之后就离开刑警队。可是，刑警队已经成了肖耘的情感寄托和工作战斗的地方，她开始变得和李大曾一样，把这里当作了自己的家；而且，李大曾发现自己也离不开这个好搭档了。

　　就这样，两人保持着纯洁的战友情谊携手战斗，将刑警队员们紧密地团结在一起，形成一个强有力的集体，这个集体保持着旺盛的战斗力活跃在城乡大地上，连续破获多起大案，案情涉及黄、赌、毒、黑、抢劫、杀人、强奸、纵火等，解救了无数的受害者，沉重打击了邪恶势力，成为公安战线的一支明星队伍。

　　〖特别关注〗作为系列剧，该剧故事短小引人。而李成儒、陈瑾、刘金山等著名实力派演员的领衔主演，和梁静、海一天、史亮等优秀青年演员的加盟，使《刑警的故事》拥有了其他同题材电视连续剧所没有的强大演员阵容。再加上英达、斯琴高娃、刘佩琪、丁勇岱、蔡明、李丁等中国影视界大腕们的倾力捧场，更让《刑警的故事》集集都是星光灿烂。

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