村民在河中捞起一具白骨，法医于胜男和康华生查验尸骨，判断是有人用一种特殊方法腐蚀尸体，造成死亡多年的假象。同时上海滩一家有名的饭店经理杜兰离奇失踪。杜兰是黑帮老大顺爷的得力干将。经过多方调查，确证白骨的主人正是杜兰。在调查过程中钟朗敏感到，杜兰很可能和自己当年一样，是一个为了配合警务部扫黑行动的黑帮卧底。 警务部高层下令捕房停止杜兰调查。因为杜兰确是他们的卧底探员。但是因为涉及扫黑计划，不愿意打草惊蛇。钟朗出于自身经历，执意要调查杜兰之死的秘密。无意中发现杜兰和他当年卧底时发生过情感纠葛的龙黛琳有过交道。 龙黛琳的真实身份是国府调查局的探员。目前正在调查一起假钞运送案。此案涉及颇广，杜兰的老大顺爷也涉嫌负责运送假金圆券。这批数额巨大的假钞进入上海，既扰乱金融市场，又用来购买紧俏战略物资，对中国危害甚大。钟朗与昔日恋人再次相见，并获得了龙黛琳父亲龙四的情报资源。但是龙黛琳遇到了神秘杀手的威胁，两名得力手下被害。钟朗带人救下龙黛琳，逐渐聚焦顺爷的帮会组织安清社。 钟朗小组利用科学破译了假钞印制的若干秘密，龙黛琳带着情报回到调查局，组织国府力量一举摧毁了假钞案。安清社也随之瓦解，顺爷神秘被杀。钟朗意识到这背后与日本人在上海的秘密组织金蛇会有关。 龙黛琳准备陪同年迈的父亲离开江湖，远去香港。钟朗独自赶去送行，遇到顺爷的余党报复，血战后钟朗携龙黛琳逃离。龙黛琳临死前提醒钟朗，假钞案的信息最早就是杜兰转交给她。而杜兰作为卧底探员，本来可以用自己警务部的力量破案，并借此扫除安清社。 钟朗终于把前后线索联系到一起，他独自一人来到杜兰的上线领导人吴清河家。揭露吴清河作为警务部高层官员，勾结黑帮，保护黑帮，甚至帮助日本人运送假钞。为了掩盖罪行，不惜亲手杀死忠诚的卧底警员杜兰。道貌岸然的吴清河自以为相关人员尽数被灭口，自己完全可以瞒天过海。没想到钟朗举起杜兰的手枪，声称要用这把没有枪号的黑枪，为杜兰报仇。吴清河负隅顽抗，用随身的拐杖手枪对抗，被钟朗制服，得到了吴清河拐杖手枪的子弹，正与杜兰尸骨上得到的罪案证据相符。此时洪涛带着警务部探员赶到，要押吴清河回去。吴清河假意反抗，被探员击毙。临死，吴清河告诉钟朗，你是在和一个无法对抗的暗黑组织抗衡！
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