《佛渡有缘》从上将石慕云（金超群饰）开始叙述。石慕云军功赫赫，自然在战场上杀人无数，自感罪孽深重，希望剃度落发，不虞住持不肯意收他为门生，石慕云只好自行剃度，改称石头和尚。 隋末朝廷黑暗，贪官污吏数战无数不堪数枚举数。一日，一名黑衣女子刺杀坐轿而行的一个贪官，被其手下刺伤，石头和尚出手救了她，并表现如此怎杀得尽贪官。黑衣女子却道，她无父无母，无牵无挂，对这些贪官能杀一个是一个。石头和尚被感动。后精通医术的石头和尚又救了一个身怀绝症的女子。两名女子坚持要拜石头和尚为师，石头和尚无奈只得准许了，但他要求两人放弃俗家名字，改名为阿舍（杨丽菁饰）、阿得（徐静蕾饰），然后教阿舍武功，教阿得医术。 石慕云昔日好友——上将江成枫逐年老去，膝下有一子一女。儿子江小楼（杨仲恩饰）初掌兵权，喜气洋洋非凡，犯下了一个致命的纰谬——滥杀无辜，屠杀赵村的所有村民，只有赵根（卢星宇饰）死里逃生，起誓要为全村人报仇。 江小楼自以为掌握了兵权，其实这一切都被将军石涛（王刚饰）操纵着。石涛有一义子石惊天（邵峰饰），天性善良，因碍于母亲，的命令而准许为石涛办三件事，其中一件就是三个月内掩护石涛，的平安。 赵根自不量力报仇，被抓了起来。阿舍、石惊天因同去救赵根而相结识，一见钟情，为日后埋下了剪赓续、理还乱的情丝。石涛放了赵根，并交给他一队乌合之众，要求他去报仇，目的是要袭击江成枫一家，并添加自己...的军功。 石惊天向阿舍剖明自己的心意，不虞阿舍因为害怕受到损害而竟然拒绝。石惊天误以为阿舍对赵根有情而颦眉促额。石惊天曾救过一对苗疆兄妹冷炎（王冰饰）、冷雨（苗红饰），虽名为手下，实情同兄妹，尤其是冷雨早已对主人暗生情愫。 江小楼在苦竹精舍经石头和尚指点决定收敛，不滥杀无辜，同时也爱上了阿舍。但阿舍早已心系石惊天，怎会接受江小楼？江小楼认为一个黄毛丫头都不把他放在眼里，随随便便就拒绝了他，回家自暴自弃。小妹江小婵劝他不克不及轻言放弃，要让阿舍慢慢感觉他的好。江小婵找到赵根，表现情愿牺牲自己，请求他放过兄长。不虞赵根获得了她却翻脸不认人，转将江小婵送给石涛。石涛对自己的新夫人十分心中意足。 江成枫上门要女，石涛拒绝，并谎称江小楼已经战死，江成枫被活活气死，夫人徇情。石头和尚气愤至极，与阿舍夜闯侯爷府。三个月期限未到，石惊天不得不阻止了阿舍进侯府，却阻挡不住武功高强的石头和尚。但碍于普渡众生...的和尚身份，石头和尚打伤了石涛，却下不了手杀他。石涛大笑：阿舍可以杀他，却被石惊天阻挡接近不了他；石头和尚可以接近他，却下不了手杀他。 江小婵假称给石涛买药，到了阿得所开...的药店内，终于得知自己双亲的惨死。她将一副祖传...的药方交给阿得，阿得看出有一味药纰谬，不肯害人，但提醒江小婵可去别处补上最后一味。江小婵佩服阿得的医术，抓完药，回侯爷府煎药。生性多疑的石涛并不接受江小婵的药，江小婵自己先尝了一口，石涛才终于喝下了毒药。临死之前，江小婵穿上孝服，为父母发丧。狡猾多端...的石涛怎么也想不到自己竟死在一个不懂武功...的弱女子手上。 恶战终于开始，江小楼与赵根一一对决，约好决不牵联手下。在两败俱伤以前，江小楼与赵根的痛恨终于化解，赵根决定隐居，不问世事；江小楼决定投奔李世民，真正干一番大事业。