祁钰心里清楚上皇是有意卵翼允贤才临时拟旨命于东瀛于朝堂之上宣读，于是更加对允贤心生厌恶，将她禁足于万安宫。南京水灾之后，产生瘟疫，疫情传入北京。京中疫情险急，祁钰在太监曹吉祥，的挑唆下，想趁局势混乱借东厂之手除去为孙太后所用的五城戎马司白晋，没想到，被逼急的白晋不仅将京城大部门戎马带出了城，还将城门反锁，京中因疫症而死的尸体无法运出城门埋葬，疫情更加难以操纵，城内哀鸿遍地，连内宫都能听到庶民哭丧的声音。汪美麟提议祁钰及太后一干人等去内宫里太液池中的小岛上逃亡，于东瀛劝祁钰身为国主此时应坐镇乾清宫，可祁钰却借故推脱。祁钰本欲去万安宫接允贤一同前往，可汪美麟督促他先走，并说她会派人去接允贤。允贤带着宫女绿香坐在汪美麟布置的前往小岛的船上，船行至水中央，船上，的小太监竟欲将船凿沉，允贤虽以木板将太监打昏，但船已经进了水，摇摇欲坠，允贤和绿香也因此落水，险些溺水而亡，幸好被御药房，的两名医女发明，以麻绳将她们救起。允贤带同御药房的医女们出宫同太医院及惠民药局，的人一起医治瘟疫，允贤发明这种瘟疫的症状很像瓦剌蒙医和她说过-的黑死病，记起蒙医都是用大黄汤医治这种疫症，便盘算采取此法治疗瘟疫，太医们起初质疑，但院判程村霞却同意并采用了允贤的建议。允贤见一老伯喉咙被痰卡住咳喘不止，竟欲用嘴去给老伯吸痰，就在这时，突然涌现的上皇拉开允贤，用手指给老伯抠痰。原来，京城产生瘟疫之后，看守南宫...的太监们都逃散了，上皇得以出了南宫，一来查看京城瘟疫，二来也希望能在医治瘟疫的医者中见到允贤。上皇与允贤在城中为了治疗瘟疫而奔走劳碌，甚得民心，上皇被庶民及臣子们视作这次救治瘟疫的主心骨，允贤则因其妙手仁心被庶民奉为观音下凡。在太医院的男医生和御药房的医女们的共同治疗下，京城的疫情已经获得有效操纵，允贤一时兴起，提出要率领众医女与师兄掌管下，的太医院进行比试，看哪边治好...的病人多。允贤突发不适，疑似染上疫症，上皇担忧，用手去摸允贤的额头看她有无发烧之症，祁钰得知疫情缓解出宫查看，见上皇对允贤做出亲热之举，马上将其拉开。祁钰命程村霞给允贤诊脉，程村霞诊断出允贤并未感染疫症，而有了身孕，祁钰连同庶民都十分高兴。