2053年，末日之战突然出现的宇宙生命体侵略了地球，直接导致了地球上人口损失过半，在人类方面军反击作战失败之后，日本方面军在富士基地展开了一项名为“Planzet”的最终作战计划。机动战士驾驶员明岛大志接到了死守作战基地的命令，只许死守不准失败，在这场作战前夕，大志将自己的妹妹与家人送往安全的火星避难。
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